Poprzednim klubem 26-letniego Słowaka był Spartak Trnava, w którym rozegrał trzy sezony. Piłkarz był podstawowym zawodnikem drużyny, z którą udało mu się osiągnąć wicemistrzostwo ligi.
W sumie, wystąpił on w 76 meczach, notując jedną bramkę. Ponadto, Čarnota wystąpił w dziewięciu spotkaniach Ligi Europy.
Zawodnik podpisał kontrakt, na którego mocy będzie reprezentował barwy GKS-u do 30 czerwca 2014 roku. Jak donosi strona, być może Čarnota zagra już w meczu pucharowym z Gryfem Wejherowo.