Magiera reprezentował barwy "Wojskowych" w latach 1997-2006 i zdobył wraz z tym klubem mistrzostwo kraju, Puchar Polski, Superpuchar oraz Puchar Ligi. W zespole Legii rozegrał w sumie 233 oficjalne mecze, w których zdobył 19 bramek.
Po zakończeniu kariery, nieprzerwanie od 20 grudnia 2006 roku sprawował funkcję drugiego trenera zespołu u boku takich szkoleniowców jak: Dariusz Wdowczyk, Jacek Zieliński, Stefan Białas, Maciej Skorża czy Jan Urban.
Rezygnacja 36-latka z członkostwa w sztabie szkoleniowym nie oznacza rozstania z Legią Warszawa. Klub wkrótce poinformuje o nowej roli, jaką Jacek Magiera będzie sprawował w zespole.