38-letni Holender w styczniu zastąpił na stanowisku trenera Massimiliano Allegriego, który od dłuższego czasu był pod presją mediów i kibiców "Rossonerich". Po wywalczeniu mistrzostwa Włoch w 2011 roku Milanowi sukcesywnie szło coraz gorzej w Serie A.
Seedorf przejął drużynę, która zajmowała 11.miejsce w tabeli. Udało mu się wyprowadzić drużynę o trzy miejsca wyżej, ale to i tak nie pozwoliło Milanowi zakwalifikować się do europejskich pucharów.
Następcą Holendra został Filippo Inzaghi - kolejny legendarny zawodnik Milanu, a od 2012 roku trener drużyny młodzieżowej. Jego kontrakt z drużyną "Rossonerich" obowiązuje do czerwca 2016 roku.