Niespełna 40-letni zawodnik dwukrotnie występował w drużynie "Niebieskich" - najpierw w latach 2002-2004, a ostatnio od 2010 roku. Przez trzy sezony pełnił funkcję kapitana zespołu. W tym czasie chorzowski zespół odniósł największe sukcesy w ostatnich latach - raz zdobył wicemistrzostwo Polski, a dwukrotnie zajął trzecie miejsce w końcowej tabeli.
Łączny bilans Malinowskiego w Ruchu przedstawia się następująco: 216 meczów, 7 bramek.