Doświadczony szkoleniowiec przejął drużynę z PGE Arena niemal dokładnie rok temu, 6 czerwca 2012, po czteroletniej przerwie w karierze. Poprowadził klub z Pomorza w jednym sezonie, w którym zajął ósme miejsce.
Oto oświadczenie klubu z Gdańska: "Decyzją zarządu klubu Lechia Gdańsk z dniem 4 czerwca br. Pan Bogusław Kaczmarek został odwołany z funkcji trenera I zespołu Lechii Gdańsk. Jednocześnie władze Lechii dziękują trenerowi Bogusławowi Kaczmarkowi za dotychczasową pracę i wkład włożony w rozwój klubu i wyniki osiągnięte przez drużynę w minionym sezonie."