Tym samym Zapata ponownie zagra w lidze argentyńskiej. Kolumbijski obrońca podpisał 18-miesięczny kontrakt z San Lorenzo i od razu dołączy do grupy trenowanej przez byłego obrońcę Paolo Montero.
Urodzony w 1986 roku Zapata opuszcza więc ligę, w której grał przez 15 lat, z krótką przerwą na występy w Hiszpanii.
Kolumbijczyk przybył do Włoch w 2005 roku, a w najwyższej klasie rozgrywkowej dał się poznać z dobrej strony w Udinese, w barwach którego wystąpił 194 razy w ciągu sześciu sezonów. Następnie, po przygodzie w Villareal, przeniósł się do AC Milan, który stał się jego domem aż do 2019 roku, kiedy to został ogłoszony zawodnikiem Genoi.
W swoim ostatnim sezonie w ekipie „I Rossoblù“, Zapata zagrał tylko 13 razy z powodu problemów z urazami.
Jego kontrakt z klubem ze Stadio Luigi Ferraris niedawno wygasł i jako wolny agent przeszedł teraz do drużyny Paolo Montero.