45-letni Niemiec podpisał dwuletni kontrakt. Był zawodnikiem FC St. Pauli w latach 2005-2012, a następnie objął stanowisko asystenta trenera pierwszego zespołu. Później prowadził samodzielnie drużyny U17 i U19, a w 2020 roku rozpoczął pracę jako szkoleniowiec dorosłej kadry.
W sezonie 2020/2021 zakończył rozgrywki 2. Bundesligi na dziesiątej pozycji. W kolejnym przez pewien czas walczył o awans do najwyższej ligi, choć ostatecznie jego zespół zajął piąte miejsce. Jednak ze względu na słabsze wyniki w rundzie jesiennej bieżących rozgrywek podjęto decyzję o rozstaniu z nim.
Pomimo tego, że drużyna FC Basel walczy o awans do finału Ligi Konferencji Europy, w lidze szwajcarskiej zajmuje dopiero piąte miejsce. W związku z tym grozi mu nieobecność w europejskich pucharach w przyszłym sezonie.
Po zwolnieniu Alexandra Freia w lutym bieżącego roku tymczasowym szkoleniowcem FC Basel został Heiko Vogel, który łączy pracę trenerską z zajmowanym stanowiskiem dyrektora sportowego klubu. Teraz zamierza w pełni skupić się na dotychczasowych obowiązkach.