Na początku stycznia Chorwat rozwiązał za porozumieniem stron kontrakt z Jagiellonią Białystok. 32-letni stoper z powodu poważnej kontuzji kolana nie mógł wrócić do gry, a więc wraz z klubem zdecydował się zakończyć tę współpracę. Białostocka ekipa zmaga się z poważnymi problemami finansowymi, a więc takie rozwiązanie było jej na rękę.
Doświadczony obrońca od dłuższego czasu nie wiązał większych nadziei z powrotem na murawę. Uraz okazał się bardzo poważny, wpływając na komfort życia Runje. Ten próbował jeszcze ratować swoją karierę i konsultował się z wieloma lekarzami. W końcu jednak pogodził się bolesnym z faktem.
Zawodnik, który w barwach Jagiellonii zaliczył 155 spotkań, ogłosił na mediach społecznościowych koniec kariery. 32-latek przyznał, że powodem tej decyzji były problemy zdrowotne, z którymi mierzy się od dwóch lat.
„Po 2 latach cierpienia z kontuzją kolana, niestety postanowiłem zakończyć karierę piłkarską...
Chciałbym podziękować wszystkim, z którymi pracowałem przez te wszystkie lata, wszystkim zawodnikom, przyjaciołom, trenerom i kibicom... To była niesamowita podróż!!! Specjalne podziękowania dla FC Nordsjaelland za to, że pomógł mi rozwinąć się jako zawodnik i jako osoba...
Omonii Nikozja dziękuję za pokazanie mi, czym jest pasja i miłość do klubu.
Jagielonii dziękuję za najpiękniejszy okres w mojej karierze, to była przyjemność bronić żółto-czerwonej barwy. Nasza więź jest nierozerwalna i na zawsze będę jednym z Was!” - napisał były młodzieżowy reprezentant Chorwacji.
Ivan Runje podczas kariery miał okazję zdobyć tylko jedno trofeum - mistrzostwo Danii w sezonie 2011/2012.