30-latek był już zawodnikiem Wisły Płock w 2006 roku, kiedy to wystąpił dla niej w 33 spotkaniach, strzelając sześć bramek. Magdoń przyczynił się do największych sukcesów "Nafciarzy". Z Wisłą wygrał Puchar i Superpuchar Polski.
Rosły stoper wcześniej grał między innymi w Pogoni Szczecin, GKS-ie Bełchatów, Odrze Wodzisław i Bogdance Łęczna. W 2006 roku zadebiutował również w reprezentacji Polski w spotkaniu ze Zjednoczonymi Emiratami Arabskimi.