Affolter rozpoczął karierę w wieku 17 lat w Young Boys Berno, a na dzień dzisiejszy zaliczył ponad 90 spotkań w szwajcarskiej Super Lidze. Dzięki ciągłym postępom i coraz pewnejszej grze przez ostatnie 3 lata Szwajcar występował także w młodzieżowych reprezentacjach. W 2010 roku debiutował meczem z Austrią w piewszej drużynie, w której zaliczył 4 występy.
- Francois, to młody piłkarz z wielkim potencjałem. Jest świetnie wyszkolony technicznie, szybki, ma dobry przegląd boiska i spokój przy rozegraniu - stwierdza opiekun bremeńczyków Thomas Schaaf, który miał deficyt centralnych obrońców po odejściu Andreasa Wolfa do AS Monako.