Argentyńczyk przejął stery nad utytułowany brazylijskim klubem w lutym bieżącego roku po wcześniejszym odniesieniu niebywałego sukcesu w postaci wygrania Copa Sudamericana (odpowiednik naszej Ligi Europy) z Defensa y Justicia.
46-latek nie posiadał wówczas zbyt bogatego doświadczenia w charakterze trenera, ale mimo to władze „Tricolor Paulista” uznały, że Hernán Crespo, marzący o zanotowaniu drugiego podejścia do pracy w Europie, będzie w stanie poprawić w znaczącym stopniu wyniki osiągane przez ich klub.
Początek jego przygody wskazywał na to, że przedstawiciele ekipy z Estádio do Morumbi „postawiły na właściwego konia”, bo São Paulo FC w pierwszych 21 meczach odniosło aż 14 zwycięstw i poniosło tylko dwie porażki, co pozwoliło drużynie wywalczyć Campeonato Paulista (mistrzostwo stanu) oraz awansować do fazy pucharowej Copa Libertadores.
Od momentu startu rozgrywek Campeonato Brasileiro Série A coś w grze klubu poprowadzonego przez Argentyńczyka zaczęło jednak szwankować.
Działacze „Tricolor Paulista” nie zamierzali jednak podejmować żadnych gwałtownych ruchów i dali 46-latkowi całkiem sporo czasu na to, aby przywrócił klub na właściwe tory na arenie krajowej oraz międzynarodowej.
Niestety Crespo nie zdołał znaleźć skutecznego rozwiązania powstałego problemu i po wygraniu zaledwie 6 z 25 spotkań w brazylijskiej ekstraklasie oraz odpadnięciu na fazie ćwierćfinału z Copa Libertadores zgodził się rozwiązać za porozumieniem stron umowę z São Paulo FC i opuścił zespół wraz z całym swoim sztabem.
Jego łączny bilans w ekipie z Estádio do Morumbi zamknął się na 24 wygranych, 21 remisach i 12 porażkach.
W mediach zaczęły już pojawiać się spekulacje dotyczące tego, że Argentyńczyk będzie teraz czekał na otrzymanie propozycji ponownego spróbowania swoich sił we Włoszech, gdzie poprowadził swój pierwszy klub w karierze trenerskiej. 46-latek nie osiągnął jednak nic znaczącego z Modeną w sezonie 2015/2016.