Defensywny pomocnik swoją przygodę z futbolem zaczynał w Vila Nova FC, a latem 2007 roku przeniósł się na Stary Kontynent, gdzie zasilił szeregi FC Porto.
Od razu został wypożyczony do CF Estrela, a potem przez sześć lat występował na Estádio do Dragão, co pozwoliło mu zgromadzić aż 237 występów. W tym czasie świętował zdobycie aż 12 trofeów.
Dobra postawa w Portugalii poskutkowała transferem do Manchesteru City latem 2014 roku, a „Obywatele” wyłożyli za niego 15 milionów euro.
W Anglii zgromadził 102 występy i triumfował w Pucharze Ligi Angielskiej. Po trzech latach przeniósł się do Stambułu, gdzie zasilił szeregi Galatasaray SK. Tam występował przez dwa sezony i każdy z nich kończył zdobyciem krajowego mistrzostwa.
Latem 2019 roku dołączył do Sevilli i dwukrotnie triumfował z nią w Lidze Europy, co jeszcze wzbogaciło jego imponujące CV.
W trwających rozgrywkach zmagał się z kontuzjami, co pozwoliło mu na zgromadzenie jedynie 12 występów. Zimą podjęto decyzję o rozwiązaniu kontraktu z 36-latkiem. Brazylijczyk w andaluzyjskim klubie wystąpił łącznie 167 razy.
Fernando początkowo zdecydował się powrócić do ojczyzny i zasilić swój macierzysty klub, czyli Vila Nova FC, który występuje w Série B. Spędził tam jednak jedynie trochę ponad miesiąc i postanowił podjąć się większego wyzwania, jakim jest gra w SC Internacional.
Defensywny pomocnik podpisał z dziewiątym zespołem minionego sezonu kontrakt do końca grudnia 2025 roku.