Dotychczasowa umowa 42-letniego trenera wygasała wraz z końcem sezonu, przez co przyszłość Hiszpana stała pod znakiem zapytania, tym bardziej że łączono go z objęciem m.in. drużyny Milanu. Emery zdecydował się jednak pozostać w Sewilli, przystając na propozycję działaczy. Były opiekun Valencii złożył podpis pod dwuletnim kontraktem, który podwyższy jego dotychczasowe zarobki.
Emery rozpoczął pracę w Andaluzjii w styczniu 2013 roku, zastępując Michela. Swoje trenerskie umiejętności potwierdził w zakończonym właśnie sezonie, zajmując piąte miejsce w Primera División, a także wygrywając rozgrywki Ligi Europejskiej, w której Sevilla pokonała po rzutach karnych drużynę Benfiki Lizbona.