Ten sezon nie układa się zupełnie po myśli Argentyńczyka. Na początku sezonu zmagał się on bowiem z różnymi kontuzjami i w kadrze meczowej można było uświadczyć jego obecność tylko okazjonalnie.
Kiedy już wydawało się, że wszystko zmierza ku dobremu i Pep Guardiola będzie mógł z niego korzystać, w drużynie pojawiły się zakażenia koronawirusem.
Okazało się, że Agüero miał bliski kontakt z osobą zakażoną, a to w konsekwencji poskutkowało tym, że musiał zostać odizolowany od reszty zespołu.
Za pośrednictwem profilu na Instagramie poinformował, że ostatni z wykonanych testów był pozytywny. Na ten moment nie wiadomo, kiedy będzie mógł wrócić do treningów.
32-latek rozegrał w tym sezonie dziewięć spotkań. Jego dorobek to dwie bramki.