Doświadczony obrońca został przed kilkoma tygodniami niejako zmuszony do opuszczenia Galatasaray po tym, jak przedstawiciele tamtejszego futbolu wprowadzili limit liczby obcokrajowców mogących zostać zatrudnionych w drużynie.
Z tego też powodu właściciele zespołu ze Stambułu nie zaproponowali mu przedłużenia wygasającego kontraktu i dlatego Azjata rozstał się z „Lwami” po dwóch latach i sześciu miesiącach.
Z dostępności Yuty Nagatomo na rynku postanowił skorzystać pogrążony w kryzysie finansowym Olympique Marsylia, który zawarł z blisko 34-letnim zawodnikiem porozumienie łączące go z klubem na sezon 2020/2021.
Tym samym lewy defensor stał się trzecim reprezentantem Japonii, który dostąpi zaszczytu gry w ekipie ze Stade Vélodrome po Koji Nakacie i Hirokim Sakai.
Były gracz FC Tokyo, Ceseny czy Interu Mediolan wystąpił w sumie w 65 spotkaniach Galatasaray i zdobył w nich trzy bramki oraz zanotował siedem asyst. Ponadto przyczynił się do wywalczenia przez klub między innymi dwóch mistrzostw Turcji (2017/2018, 2018/2019).
Nagatomo jest czwartym letnim wzmocnieniem Olympique'u Marsylia po Álvaro Gonzálezie (wykup z Villarrealu), Pape Gueye'u (wolny transfer z Le Havre) i Leonardo Balerdim (wypożyczenie z Borussii Dortmund).