Nesta zdementował informacje, które podawały włoskie media, że wybierze podobną drogę jak Andrea Pirlo i przeniesie się po zakończeniu sezonu do Juventusu Turyn. Teraz włoski obrońca łączony jest z odejściem do amerykańskiej MLS, do New York Red Bulls, w którym grają już Thierry Henry i Rafael Marquez.
Nesta trafił na San Siro w 2002 roku z Lazio Rzym, za kwotę 31 milionów euro. Podczas swojego pobytu w Milanie 2-krotnie wygrał mistrzostwo Włoch, zdobył Puchar Włoch, 2-krotnie Superpuchar. Na arenie międzynarodowej Nesta wraz z zespołem sięgał po Ligę Mistrzów, Superpuchar Europy, oraz Klubowe Mistrzostwo Świata.
Nesta znajduje się wśród 20 piłkarzy, którzy zaliczyli najwięcej występów w barwach Milanu, na swoim koncie ma ich ponad 300.