Walijczyk objął posadę trenera "The Citizens" tuż przed tym, zanim do Manchesteru przyjechali bogaci inwestorzy. Hughes utrzymał swoje stanowisko przez ponad rok, jednak ostatecznie został zwolniony i zastąpiony Roberto Mancinim.
- Nie czuję żadnego żalu do City. Nie byłem w typie nowych właścicieli. Zostałem zatrudniony przez zupełnie inną grupę ludzi, więc gdy oni się zmienili, wiedziałem, że to tylko kwestia czasu, zanim zostanę zastąpiony. Myślę, że i tak wytrwałem tak długo, jak tylko mogłem. Nowi włodarze chcieli ruszyć tę maszynę bardzo, bardzo szybko. Prawdopodobnie szybciej niż początkowo mi się to wydawało.
- Teraz mają większą jakość, są postrzegani jako zespół klasy światowej. Jeśli mam być szczery, kiedy tam trafiłem, to był klub środka tabeli. Zmiany nastąpiły bardzo szybko, teraz jest to zupełnie inna drużyna.
Nowi właściciele szybko zaczęli pompować w drużynę ogromne pieniądze. Po zwolnieniu Hughesa dwukrotnie wygrali ligę, raz FA Cup i na stałe zagościli w Lidze Mistrzów.