Ofensywny pomocnik zapowiadał się na świetnej klasy zawodnika i już na początku swojej drogi z seniorskim futbolu mógł pochwalić się zdobyciem tytułu najlepszej ekipy w kraju z rodzimym Club Nacional.
Potem z każdym sezonem prezentował się coraz lepiej na własnym podwórku, co pozwoliło mu najpierw znaleźć się w kadrze Urugwaju na Copa América w 1993 roku, a potem zaliczyć transfer do Europy w styczniu 1996 roku.
Fabián O'Neill w trakcie swojego pobytu na Starym Kontynencie występował w Cagliari Calcio, Juventusie oraz Perugii. Największy zespołowy sukces odniósł naturalnie ze „Starą Damą”, zdobywając z nią mistrzostwo Włoch w sezonie 2001/2002.
Po tych rozgrywkach znalazł się po raz ostatni w reprezentacji narodowej, jadąc z nią na mundial do Korei Południowej oraz Japonii, gdzie wszystkie trzy mecze grupowe obejrzał z pozycji rezerwowego.
Niedługo później kariera ofensywnego pomocnika wyhamowała i dobiegła przed 30. urodzinami piłkarza w połowie 2003 roku.
Duży wpływ na ten stan rzeczy miały pozaboiskowe problemy O'Neill, który zmagał się z alkoholizmem.
Ta choroba doprowadziła w konsekwencji do jego śmierci w pierwszy dzień Świąt Bożego Narodzenia po tym, jak lekarze nie byli już w stanie go uratować w wyniku postępującej marskości wątroby.