Hiszpan objął "Smoki" w maju 2014 roku, rozpoczynając pierwszy poważny rozdział w swojej karierze trenerskiej (klubowej). Wcześniej sukcesy osiągał jako trener młodzieżowych reprezentacji swojego kraju.
49-latek został dziś jednak pozbawiony swojej funkcji ze względu na słabe wynik notowane w ostatnim czasie i żegna się z Portugalią bez żadnego zdobytego trofeum. W zeszłym sezonie jego podopieczni bardzo dobrze zaprezentowali się jednak w Lidze Mistrzów.
Porto na koniec 2015 roku było ligowym liderem, ale ostatnia porażka ze Sportingiem i Rio Ave zepchnęła tę drużynę dopiero na trzecie miejsce. W międzyczasie Lopetegui przegrał również w krajowym pucharze.
Na razie nie wiadomo, kto zostanie jego następcą, aczkolwiek w mediach pojawiają się dwa nazwiska. Rafa Benitez oraz Nuno Espírito Santo, niedawno pożegnany w Valencii.