Thomas Müller związany jest z Bayernem Monachium od najmłodszych lat, przechodząc przez kilka szczebli piłki młodzieżowej. W 599 występach dla klubu strzelił 220 bramek i zaliczył 230 asyst, sięgając wraz z kolegami po 29 tytułów. Czyni go to niekwestionowaną legendą Bayernu Monachium.
Przez większość swojej kariery, Müller uchodził za jednego z najbardziej niedocenianych piłkarzy na świecie. Posądzany o niewielkie umiejętności piłkarskie i technikę, która jest niewystarczająca do gry na najwyższym poziomie, aktualnie uważany jest za niezwykle inteligentnego i niemożliwego do zastąpienia w ekipie mistrzów Niemiec. Jego sympatyczna postawa poza boiskiem sprawiła, że stał się też ulubieńcem kibiców.
Kontrakt Müllera z Bayernem Monachium wygasa w czerwcu 2023 roku. Niektóre źródła mówią, że klub planuje przedłużyć z nim umowę, jednak wciąż nie doszło do żadnych konkretów.
Müller w rozmowie z ESPN zdradził swoje plany na najbliższe lata. Niemiec po zakończeniu kariery piłkarskiej będzie chciał spróbować swoich sił w roli szkoleniowca.
- Myślę, że w przyszłości wszystko jest możliwe, ale nie mam żadnego konkretnego planu, który mam określony. Za trzy lata chcę zakończyć karierę, za cztery lata chcę spróbować zdobyć licencję trenerską.
− Mój plan jest taki, aby zawsze myśleć o tym, co na ten moment jest najlepsze. To najważniejszy plan. Możesz zaplanować najbliższe dwa-trzy lata, ale życie zawsze toczy się inaczej.