Vargas dołączył do Napoli w styczniu 2012 roku. Zanotował wejście smoka w meczu Ligi Europy przeciwko AIK, w którym zdobył hattricka. Jednak w 19 meczach Serie A ani razu nie zdołał wpakować piłki do siatki. Kiedy w styczniu 2013 roku przeszedł na wypożyczenie do Grêmio, wydawało się, że jego przygoda z Neapolem skończyła się.
Jednak dobra postawa Vargasa w rozgrywkach ligi brazylijskiej została zauważona przez trenera Napoli, Rafę Beníteza. Taktyka preferowana przez Hiszpana bardziej odpowiada Chilijczykowi niż ta, którą ustawiał poprzednik Beníteza, Walter Mazzari.
Przypomnijmy, że Eduardo Vargas kosztował drużynę Napoli 11,5 miliona euro, jego poprzednim klubem był Universidad de Chile.