Przed rozpoczęciem losowania 20 reprezentacji, które przebrnęło poprzednie dwie fazy kwalifikacyjne zostało przydzielonych do czterech koszyków ustalonych na podstawie rankingu FIFA z listopada 2015 roku. W każdym z nich znalazło się po pięć zespołów.
Los sprawił, że na tym etapie znalazły się wszystkie najlepsze drużyny z „Czarnego Lądu”, co zapowiadało nam powstanie nawet paru ciekawych grup, z których tylko zwycięzcy pojadą na mundial do Rosji.
Ceremonia losowania, w której udział wzięli Mohamed Elneny, Henryk Kasperczak, Aliou Cisse i Alphonse Chamy odbyła się bez specjalnej fety. Było to spowodowane ostatnimi smutnymi wydarzeniami dla afrykańskiego futbolu związanymi ze śmiercią Stephena Keshiego i Shaiby Amadou.
Grupa A: Libia, Gwinea, Demokratyczna Republika Konga, Tunezja
Grupa B: Zambia, Kamerun, Nigeria, Algieria
Grupa C: Gabon, Maroko, Mali, Wybrzeże Kości Słoniowej
Grupa D: Burkina Faso, Republika Południowej Afryki, Republika Zielonego Przylądka, Senegal
Grupa E: Uganda, Kongo, Egipt, Ghana
Mecze odbędą się w okresie od 3 października 2016 roku do 14 listopada 2017 roku.