Santana dołączył do klubu w kwietniu 2012 roku zastępując Jorginho. Poprzedni szkoleniowiec został zwolniony po porażce 1:5 z ...Vitórią. Były selekcjoner RPA wytrzymał na stanowisku ponad rok, doszedł z Bahią do finału mistrzostw stanowych, lecz po porażce w pierwszym meczu finałowym z odwiecznym rywalem dostał wypowiedzenie. Jeśli Bahia nie ogłosi nazwiska nowego szkoleniowca, w rewanżu zespół poprowadzi Eduardo Barroca.
Santana był trenerem Bahii już czterokrotnie: w 1994, w 1999, od 2011 do lutego 2012 i od kwietnia 2012 do maja 2013. Świętował z klubem w mistrzostwa stanu (w 1994 i 1999).