Bramkarz Rangers FC debiutował w reprezentacji Szkocji 30 maja 2007 roku w towarzyskim spotkaniu z Austrią. Numerem jeden kadry narodowej został w sierpniu 2010 roku. Później na pewien czas do podstawowego składu kosztem McGregora wskoczył David Marshall. Natomiast w 2017 roku podstawowym golkiperem Szkotów był Craig Gordon.
Po objęciu reprezentacji przez Alexa McLeisha 37-latek odzyskał bluzę z numerem jeden, lecz teraz zapowiedział, że już więcej nie zagra w narodowych barwach.
- Czuję, że teraz jest najlepszy moment na wycofanie się z piłki reprezentacyjnej. Gra dla Szkocji zawsze był zaszczytem i nie była to łatwa decyzja. Chcę życzyć całemu sztabowi szkoleniowemu i graczom wszystkiego najlepszego. Chciałbym zobaczyć ich na Mistrzostwach Europy w 2020 roku – powiedział w rozmowie z „The Guardian”.
Do tej pory McGregor wystąpił w reprezentacji Szkocji 40 razy. Teraz o miano pierwszego golkipera najprawdopodobniej będą walczyć Gordon i Scott Bain.