20-letni obrońca trafił do "Kolejorza" latem 2012 roku z Sokoła Kleczew. W sezonie 2013/14 zadebiutował w najwyższej klasie rozgrywkowej. Ubiegły sezon spędził na wypożyczeniu w Górniku Łęczna, dla którego rozegrał 17 spotkań ligowych.
Bednarek po powrocie do Poznania rozpoczął rywalizację o miejsce w pierwszym składzie poznańskiej drużyny. Od sierpnia udało mu się wziąć udział w czterech spotkaniach Ekstraklasy, w których był jednym z wyróżniających się zawodników. Władze Lecha, widząc kolejne postępy wychowanka klubowej akademii, postanowiły zaproponować mu nową umowę.
Młodzieżowy reprezentant Polski przedłużył kontrakt z wielkopolskim klubem do końca czerwca 2020 roku (poprzedni wygasał 30 czerwca 2017 roku).
- Podpisanie kontraktu to dobra wiadomość dla klubu. Jan jest świetnym zawodnikiem z mocnym charakterem. To młody piłkarz, który już teraz gra w pierwszym zespole. Czeka go w Lechu wielka przyszłość. Mam nadzieję, że da tej drużynie dużo. Wokół niego będziemy budowali obronę na najbliższe lata - powiedział szkoleniowiec Nenad Bjelica.