Piłkarz ten trafił do drużyny „Pasów” w styczniu 2012 roku, jeszcze za kadencji trenera Dariusza Pasieki, który znał z czasów gry grał u niego w Arce Gdynia. Umowa miała obowiązywać przez pół roku, ale została w niej zawarta klauzula pierwokupu, z której krakowski klub skorzystał.
Obecny trener, Tomasz Kafarski widzi w nim ważne ogniwo swojego zespołu, który będzie walczył o powrót do najwyższej klasy rozgrywkowej.
Marcin Budziński w rundzie wiosennej T- Mobile Ekstraklasy wystąpił w barwach Cracovii w 11 meczach, strzelając jednego gola, z Podbeskidziem Bielsko- Biała.
Oficjalnie: Budziński zostaje w Cracovii
Cracovia Kraków, ostatnia drużyna sezonu 2011/2012, w dniu 11 maja, postanowiła skorzystać z opcji pierwokupu i wykupić wypożyczonego Marcina Budzińskiego.