Reprezentant Czech zdecydował się jeszcze jako młodzieżowiec na opuszczenie rodzimego kraju na rzecz przeprowadzki do Udinese w lipcu 2014 roku.
Od tego momentu wszechstronny zawodnik, mogący występować na każdej pozycji w linii pomocy, był związany wyłącznie z włoskim zespołami.
Od sezonu 2018/2019 występował w Sampdorii, gdzie zbierał bardzo pochlebne recenzje za swoje występy. Dzięki temu znalazł się na celowniku kilku silniejszych ekip. Jakub Jankto nie zdecydował się wówczas na opuszczenie Genui i w efekcie w późniejszym okresie zainteresowanie nim coraz bardziej słabło, w przeciwieństwie do narastającej chęci piłkarza do spróbowania sił w zupełnie nowym otoczeniu.
Ten fakt postanowiło wykorzystać Getafe, które po owocnych rozmowach sfinalizowało transfer z udziałem 25-latka na bardzo atrakcyjnych warunkach.
Reprezentant Czech przeniósł się do hiszpańskiej drużyny za zaledwie 6 milionów euro i związał z nowym pracodawcą do 30 czerwca 2026 roku.
Jankto kończy swoją przygodę z Sampdorią na 97 rozegranych meczach, w których zdobył dziewięć bramek oraz zanotował dziewięć asyst.