Klub powstał w 2010 roku w wyniku fuzji z RRC Peruwelz i już w sezonie 2014/2015 uczestniczył w rozgrywkach belgijskiej ekstraklasy. Na tym poziomie utrzymał się aż do 2021 roku. Wówczas zajął on ostatnie miejsce i spadł o klasę niżej.
Drużyna dzielnie broniła się przed spadkiem, osiągając cel. Mimo to nie będziemy jej dłużej oglądać na drugim szczeblu.
Komisja Licencyjna Belgijskiego Związku Piłki Nożnej dopatrzyła się u Royal Excel Mouscron problemów z płynnością finansową oraz długów. Nie było zatem wystarczających przesłanek ku temu, aby sądzić, że klub ma zagwarantowany dalszy byt, stąd nieudzielenie zawodowej licencji.
Podmiot w podobnej sytuacji znajdował się już nie raz, ale za każdym razem, w wyniku odwołania do Belgijskiego Centrum Arbitrażu, udawało mu się się uzyskać potrzebne zezwolenie.
Licząc, że tak będzie i tym razem, władze wypłaciły zawodnikom zaległe wynagrodzenia za marzec oraz kwiecień. Od tego czasu wyczekiwano na stosowną decyzją
Dzisiaj organ Belgijskiego Związku Piłki Nożnej podtrzymał stanowisko Komisji Licencyjnej, co jest równoznaczne ze spadkiem na czwarty poziom rozgrywkowy w Belgii oraz rozpoczęciem zmagań z odjętymi trzema punktami. Zespół czeka zatem rywalizacja na poziomie amatorskim.
Niewykluczone, że w tej sytuacji klub po prostu złoży wniosek o upadłość i tym samym zostanie rozwiązany.
Barw Royal Excel Mouscron bronią między innymi Jérémy Taravel i Teddy Chevalier, odpowiednio były zawodnik Dinama Zagrzeb oraz Valenciennes.
„Smutna wiadomość dla kibiców, pracowników i wszystkich młodych ludzi z Royal Excel Mouscron - brak licencji.
Wielkie podziękowania dla wszystkich PRAWDZIWYCH ludzi, którzy próbowali coś zbudować i walczyli o Mouscron” – napisał na Twitterze Taravel, potwierdzając informacje belgijskich oraz francuskich mediów.
W ostatnich latach z piłkarskiej mapy zniknęło chociażby KSC Lokeren.