Doświadczony bramkarz w połowie minionego sezonu związał się półrocznym kontraktem z opcją jego przedłużenia z Zagłębiem Lubin. Włodarze „Miedziowych” zdecydowali się na podpisanie umowy z 39-letnim zawodnikiem z powodu kontuzji Konrada Forenca i po zakończeniu rozgrywek nie zdecydowali się na kontynuowanie współpracy z Małkowskim.
Od tego czasu golkiper nie otrzymał żadnej satysfakcjonującej go propozycji z innego zespołu. W międzyczasie rozpoczął pracę w roli trenera bramkarzy, co w efekcie pomogło mu w podjęciu decyzji o zawieszeniu piłkarskich butów na kołku, o czym napisał na Facebooku.
„Chciałem poinformować, że z dniem 28 sierpnia oficjalnie kończę piłkarską karierę. Znalazłem nową pracę w kadrze Polski do 16 lat i w Widzewie Łódź. To było płynne przejście z roli zawodnika do funkcji trenera bramkarzy. Najpierw rozpocząłem pracę w kadrze do 16 lat, później w Widzewie, który prowadzi Franciszek Smuda. Trener, któremu się nie odmawia. Dlatego podjąłem decyzję o zakończeniu kariery. Przechodzę na drugą stronę mocy (śmiech). Korzystając z okazji chciałbym serdecznie podziękować wszystkim klubom, trenerom i kolegom z boiska, z którymi miałem okazję współpracować. W zawodowej piłce jako zawodnik spędziłem dwadzieścia lat. Zdobyte umiejętności i doświadczenie będę teraz przekazywał młodszym bramkarzom, z którymi będę pracował. Dziękuję i do zobaczenia.”
Małkowski rozpoczynał swoją przygodę z seniorskim futbolem w Stomilu Olsztyn. Potem reprezentował barwy zagranicznych klubów takich jak Feyenoord Rotterdam, SBV Excelsior, Hibernian czy Inverness. Po powrocie do kraju przez sezon występował w rodzimym mieście i następnie przed startem rozgrywek 2009/2010 zasilił szeregi Korony Kielce, w której spędził blisko osiem lat. W tym czasie rozegrał 150 spotkań dla „Żółto-Czerwonych”. Po zakończeniu pobytu w ekipie z województwa świętokrzyskiego zaliczył jeszcze epizod we wspomnianym Zagłębiu i zanotował w jego barwach tylko jeden występ w meczu przeciwko Cracovii.