Defensor dołączył do Interu w styczniu 2011 roku na zasadzie wypożyczenia z Ceseny, a potem został oficjalnie wykupiony przez „Nerazurrich”. Od tego czasu 101-krotny reprezentant Japonii rozegrał ponad dwieście spotkań dla ekipy ze stolicy Lombardii.
W obecnie trwającym sezonie Nagatomo zagrał w jedenastu meczach ligowych, ale obecnie Luciano Spalletti woli stawiać na Davide Santona. W ostatnim meczu ze SPAL (1:1) na pozycji lewego defensora zagrał wracający po kontuzji Danilo D’Ambrosio, co miało spowodować frustrację u Japończyka.
Na domiar złego, do roli etatowego defensora w najbliższych miesiącach jest przygotowywany sprowadzony latem Dalbert, co może ograniczyć rolę wychowanka Higashi Fukuoka High School w „Beneamacie” do absolutnego minimum.
Zgodnie z doniesieniami Gianluki di Marzio, Nagatomo ma zostać wypożyczony do końca sezonu do Galatasaray. Turcy długo zabiegali o Santona oraz Kwadwo Asamoaha z Juventusu, jednak oni niebawem mają podpisać nowe kontrakty z obecnymi pracodawcami.
„Sky Italia” oraz „Premium Sport” doszli do szczegółów wspomnianego wypożyczenia. „Galata” ma zapłacić na początek milion euro za możliwość przeprowadzenia tego ruchu, natomiast po sezonie przysługuje im szansa na wykup Nagatomo za sześć-siedem milionów euro.
31-latek rozegrał w tym sezonie trzynaście spotkań dla Interu Mediolan, z czego jedenastokrotnie były to mecze w ramach Serie A.