Walijski menadżer trafił do popularnych "The Potters" po zakończeniu sezonu 2012/13 i podpisał z klubem dwuletnią umowę.
Stoke City pod wodzą Hughesa zmieniło swoje oblicze i zaczęło grać atrakcyjniejszy dla oka futbolu, dzięki czemu w minionych rozgrywkach zajęło bardzo wysokie dziewiąte miejsce w ligowej tabeli. W bieżącej kampanii ekipa 51-letniego menadżera prezentuje podobny poziom i po 22. kolejkach plasuje się na dziesiątej pozycji w Premier League z bezpieczną przewagą nad strefą spadkową.