O Austriaku zaczęło być głośno w 2009 roku, kiedy to w barwach Red Bull Salzburg w 34 spotkaniach, zdobył aż 39 bramek, dokładając do tego 9 asyst. W 2010 roku Janko trafił do holenderskiego Twente, gdzie 45 meczach, wpisał się na listę strzelców 24 razy. Ostatnie pół roku rosły napastnik spędził w Porto, gdzie stracił swoją skuteczność i do siatki przeciwników trafił tylko 5 razy.
W Turcji Janko ma zastąpić innego snajpera, Buraka Yilmaza, który odszedł do Galatasaray. Marc Janko podpisał z Trabzonsporem 4-letni kontrakt. Kwota transferowa opiewa na 3 milion euro.