Dla 24-latka jest to powrót na Stadion Apostolosa Nikolaidisa, bowiem wychował się w tutejszej akademii, oraz występował w pierwszej drużynie "Koniczynek" w latach 2006-2012. Dla tego klubu zanotował ogółem 137 występów, w których zdobył 15 bramek. W 2012 roku przeniósł się do Parmy, jednak tam nie spełnił oczekiwań i poprzedni sezon spędził na wypożyczeniu w PAOK-u.
W sierpniu tego roku rozwiązał kontrakt z Parmą i od tego momentu pozostawał wolnym zawodnikiem. Na jego zatrudnienie zdecydował się Panathinaikos, z czeko Ninis jest bardzo zadowolony:
- Jestem bardzo szczęśliwy, że mogę tu wrócić. Pragnę pokazać się z tym klubem w Europie. Mam nadzieję, że uda mi się pomóc temu zespołowi w osiąganiu założonych celów. Dziękuję za zaufanie, którym mnie obdażono i za danie mi szansy, by móc grać w piłkę na wysokim poziomie - powiedział po podpisaniu umowy.
Oficjalnie: Ninis wraca do Panathinaikosu
Sotiris Ninis został nowym zawodnikiem Panathinaikosu Ateny, wiążąc się dwuipółletnim kontraktem.