26-latek w wieku 16 lat trafił do Bayernu Monachium, gdzie wróżono mu świetlaną przyszłość. Potwierdzeniem tej teorii były regularne występy w młodzieżowych reprezentacjach kraju we wszystkich kategoriach wiekowych. Gdy jako 18-letni obrońca został włączony w skład rezerwowej drużyny "Bawarczyków", zapowiadano, że jest to dla niego okres poznawczy z dorosłą piłką.
Jak się później okazało, Markus został piłkarzem rezerw aż do momentu, gdy zdecydował się opuścić Monachium w 2006 roku, przechodząc na dwuletnie wypożyczenie do Salzburga. Mimo iż w Austrii rozegrał 48 spotkań, po powrocie na Allianz Arena zdecydował się opuścić Bayern. Swoją karierę postanowił kontynuować w Eintrachcie, z którego w międzyczasie wypożyczony był na pół roku do Kaiserslautern. W 2011 roku trafił do FC Basel, gdzie przez ostatnie sezony był podstawowym defensorem szwajcarskiego zespołu.