Kolumbijczyk już od dawna znajdował się w kręgu zainteresowań klubu z Bergamo, a po pomyślnym przejściu badań medycznych oficjalnie stał się zawodnikiem Atalanty. Od końca czerwca Yepes był wolnym piłkarzem, ponieważ rozwiązał swój kontrakt z Milanem.
37-letni obrońca przez ostatnie trzy lata grał dla "Rossonerich". Zdobył dla Milanu jedną bramkę. Wcześniej występował w Chievo, Paris-Saint Germain, Nantes, River Plate i Deportivo Cali.
Yepes jest 90-krotnym reprezentantem Kolumbii. Strzelił dla swojej kadry cztery bramki.