Oficjalnie: Malbranque 2016

34-letni pomocnik w 2012 roku wrócił do drużyny Lyonu, którego jest wychowankiem. Od tego momentu rozegrał dla tej drużyny 79 spotkań, w których udało mu się pięciokrotnie pokonać bramkarzy rywali. W drużynie ze Stade Gerland w 1998 roku zadebiutował w Ligue 1, a przez kolejne trzy lata ją reprezentował.

Poza grą w Lyonie, Francuz występował równeż w Premier League. W lidze angielskiej reprezentował barwy Fulham, Tottenhamu Hotspur oraz Sunderlandu. Po występach w tym ostatnim klubie zdecydował się na powrót do ojczyzny.

Jego wybór padł na AS Saint-Etienne, gdzie przez rok zanotował zaledwie 26 minut spędzonych na boisku w spotkaniu przeciwko Marsylii. Po zakończeniu sezonu wrócił do klubu, w którym rozpoczął karierę.