Były zawodnik między innymi ŁKS-u Łódź, Feyenoordu, HSV, Vitórii, Troyes, Southampton czy wspomnianych „Wojskowych” postanowił po przejściu na sportową emeryturę rozpocząć swoją przygodę z zawodem trenera.
Po uzyskanie niezbędnych kwalifikacji został w lipcu 2018 roku mianowany na stanowisko szkoleniowca Legii Warszawa U-19.
42-latek nie sprawował jednak tej funkcji choćby do końca sezonu, ponieważ w jego trakcie został włączony do sztabu pierwszego zespołu aktualnego mistrza Polski jako asystent Aleksandara Vukovicia i pozostał w nim także po zatrudnieniu Czesława Michniewicza.
Redakcja TVPSport.pl uważa, że wkrótce ta sytuacja ulegnie zmianie, ponieważ Marek Saganowski prowadzi rozmowy z władzami „Wojskowych” w kwestii przedwczesnego zakończenia współpracy.
W kuluarach spekuluje się, że były wielokrotny reprezentant Polski zdecydował się na rozstanie z Legią Warszawa ze względu na otrzymanie propozycji samodzielnego poprowadzenia jednego z polskich klubów.