Po dwunastu latach spędzonych w Barcelonie Meksykanin zagra w Villarrealu. W „Żółtej Łodzi Podwodnej” 24-latek dołącza do rok starszego brata – Giovaniego.
Obaj bracia trafili do szkółki FC Barcelona w 2002 roku z Monterrey i uchodzili za wielkie talenty, jednak żadnemu z nich nie udało się zrobić w Katalonii wielkiej kariery i musieli opuścić Camp Nou. Giovani zrobił to już w 2008 roku na rzecz Tottenhamu, kiedy Pep Guardiola przeprowadzał swoją rewolucję w szatni „Barçy”.
Jonathan opuszcza szeregi „Dumy Katalonii” dopiero sześć lat później, by zagrać w Villarrealu, który może za niego zapłacić nawet dwa miliony euro.