Gerson trafił do Europy w 2016 roku, przenosząc się wtedy z rodzimego Fluminense do Romy. Brazylijczyk nie zawojował Rzymu, z czasem został wypożyczony do Fiorentiny, a następnie wrócił do ojczyzny, podpisując kontrakt z Flamengo.
W ciągu dwóch lat spędzonych w klubie z Rio de Janeiro pomocnik rozegrał w jego barwach 102 mecze (sześć bramek i 11 asyst). Był to dla niego bardzo udany czas pod względem liczby zdobytych trofeów. Z „Rubro-Negro” dwukrotnie został mistrzem Brazylii, sięgnął po dwa superpuchary kraju, a także triumfował w Copa Libertadores oraz Recopa Sudamericana.
W 2021 Gerson znowu przeniósł się na Stary Kontynent, dołączając do Olympique'u Marsylia. Po półtora roku gry we Francji teraz wraca do Flamengo. 25-latek podpisał kontrakt ważny do końca 2027 roku i jest jego pierwszym zimowym nabytkiem.
Zdaniem mediów Marsylia otrzyma za piłkarza 15 milionów euro płatne w ciągu pięciu lat. Do tego może dojść dodatkowy milion uzależniony od triumfu Flamengo w lidze brazylijskiej lub Copa Libertadores.
Drużyna z Rio de Janeiro to triumfator tych drugich rozgrywek w sezonie 2022. W lidze zakończyła zmagania na piątym miejscu w tabeli.