Szwajcar przez ostatnie trzy lata występował w Young Boys Berno, którego jest wychowankiem. Prawy defensor w niedawnym dwumeczu rozegranym w ramach III rundy eliminacji Ligi Mistrzów z Szachtarem Donieck rozegrał jednak zaledwie w sumie 41. minut. Łącznie dla wicemistrza swojego kraju pojawił się na boisku w 48 spotkaniach.
Teraz 22-latek zdecydował się na transfer do dużo silniejszej Bundesligi. FC Ingolstadt zapłaciło za niego dwa miliony euro. Młodzieżowy reprezentant Szwajcarii związał się z nowym klubem kontraktem do 2020 roku.
Hadergjonaj to drugi najdroższy zawodnik w historii klubu należącego do Audi. Więcej działacze "Die Schanzer" zapłacili tylko za Darío Lezcano z FC Luzern.