Peruwiańczyk swoją seniorską karierę rozpoczął w 2002 roku, kiedy to awansował do pierwszej druźyny Universitario. Swojego debiutanckiego gola zdobył 24 listopada tego samego roku. Był to również jego debiut w oficjalnym meczu. Juan Vargas pokonał bramkarza rywali strzałem zza pola karnego. Dokładnie trzy lata później opuścił swój macierzysty klub na rzecz argentyńskiego CA Colón. Podczas swojej kariery występował również w takich klubach jak Fiorentina, Catania czy Genoa.
33-latek pozostawał bezrobotny od ostatniego lata, kiedy to opuścił drużynę Realu Betis. W jego barwach rozegrał łącznie 22 spotkania, zdobywając przy tym trzy bramki oraz dwie asysty. Klub Universitario de Deportes oficjalnie potwierdził powrót swojego wychowanka. Lewy obrońca ma wnieść do drużyny potrzebne doświadczenie oraz pomóc swoją wszechstronnością, ponieważ może on również występować jako lewoskrzydłowy.