Emerton urodził się w Australii w Nowej Południowej Walii. Swoje pierwsze piłkarskie kroki stawiał w zespole Sydney FC, gdzie już wtedy wróżono mu wielką karierę. Podczas Igrzysk Olimpijskich w 2000 roku, które odbyły się w Sydney, wypatrzyli go skauci Feyenoordu Rotterdam, i już od sezonu 2000/2001 Emerton stał się zawodnikiem holenderskiej ekipy.
Od swojego pierwszego sezonu w Eredivisie stał się jednym z najlepszych obrońców ligi. Największy sukces w swojej karierze Australijczyk święcił włąsnie w holenderskim zespole, z którym w 2002 roku zdobył Puchar UEFA. W 2003 roku zawodnik za kwotę trzech milionów euro przeniósł się do grającego wtedy w Premier League Blackburn Rovers. Tam przez trzy sezoby był podstawowym zawodnikiem w zespole zarowno w lidze jak i Pucharze UEFA, w którym Blackburn wystepowało w sezonie 2003/2004.
W reprezentacji Australli obrońca zadebiutował 7 lutego 1998 roku, w spotkaniu przeciwko Chile. Na wcześniej wspomnianych Igrzyskach Olimpijskich Emerton był kapitanem zespołu. W 2002 roku zawodnik został uznany za najlepszego piłkarza strefy Oceanii. Zawodnik znacząco przyczynił się do awansu reprezentacji na Mistrzostwa Świata w Niemczech, kiedy to zespół "Soceroos" pokonał w barażach zespół Urugwaju. Na tychże Mistrzostwach zawodnik wystąpił w wszystkich trzech spotkaniach, natomiast nie ukończył meczu z Chorwacją, kiedy to za dwie żółte kartki wyleciał z boiska. Największym sukcesem reprezentacyjnym był awans z zespołem do 1/8 finału turnieju w Niemczech.
Statystyki Emertona:
Łącznie w National Soccer League: 119 spotkań, 20 bramek,
Łącznie w Eredivisie: 92 spotkania, 11 bramek,
Łącznie w Premier League: 245 spotkań, 13 bramek,
Reprezentacja Australii U-17: 11 spotkań, 1 bramka,
Reprezentacja Auttralii U-20: 19 spotkań, 2 bramki,
Reprezentacja Australii U-23: 27 spotkań, 8 bramek,
Reprezentacja Australii (dorosła): 92 spotkania, 19 bramek.