Reprezentant Republiki Zielonego Przylądka przeniósł się do ekipy z Salonik na zasadzie transferu definitywnego ze Steauy Bukareszt i po przejściu testów medycznych podpisał z nowym pracodawcą trzyletni kontrakt. Rumuński klub na sprzedaży swojego zawodnika zarobił 1,4 miliona euro.
Fernando Varela bronił barw „Czerwono-Niebieskich” od września 2013 roku. Od tego czasu środkowy obrońca rozegrał 117 spotkań dla zespołu ze
Stadionul Național, w których zdobył dwanaście goli oraz zanotował dwie asysty.