Jego profesjonalna przygoda z futbolem, choć wyboista, została okraszona wieloma sukcesami. Od momentu przybycia do Europy w 2004 roku, środkowy napastnik sięgał po wiele trofeów w lidze holenderskiej, niemieckiej i rosyjskiej.
– Po tak wielu radościach i spełnieniu swoich najskrytszych marzeń przyszedł czas, aby powiedzieć piłce „do widzenia” i zamknąć ten przepiękny rozdział mojego życia – oznajmił Farfán w krótkim materiale wideo.
W przeszłości zawodnik regularnie otrzymywał powołania do drużyny narodowej, dla której łącznie rozegrał ponad 100 meczów. Wziął też udział na Mistrzostwach Świata w 2018 roku w Rosji, kończąc rywalizację w fazie grupowej po porażkach z Danią i Francją.
Po raz ostatni Farfán wyszedł na murawę w trykocie „La Blanquirroja” w listopadzie 2021 roku w ramach eliminacji do MŚ z Wenezuelą. Był to dla niego 102. występ. W ogólnym rozrachunku strzelił dla swojego kraju 23 gole i zaliczył dziewięć asyst.
38-latek rozpoczął i zakończył swoją karierę w zespole Alianz Lima, z którym pięciokrotnie sięgał po mistrzostwo Peru. Przed sezonem 2003/2004 powędrował do PSV Eindhoven, przyczyniając się do czterech tytułów na poziomie Eredivisie.
Szczyt jego formy przypadł jednak podczas pobytu w Schalke, gdzie poświęcił siedem lat gry. Niestety, znakomite występy przeplatał poważnymi kontuzjami, które hamowały rozkwit potencjału. Piłkarz często musiał się zmagać z chorym kolanem lub stawem skokowym.
W 2015 roku opuścił Stary Kontynent na rzecz emirackiego Al-Jazira Club, z którym również ugrał mistrzostwo kraju. W latach 2017-2020 zaszczycił swoją obecnością w Lokomotiwie Moskwa, dorzucając do swojej kolekcji medale za zdobycie mistrzostwa Rosji (2018) i Pucharu Rosji (2017 i 2019).