Skrzydłowy trafił do Interu zimą 2015 roku, poszukując miejsca, gdzie mógłby występować bardziej regularnie niż miało to miejsce w Bayernie. Początkowo Szwajcar znalazł w Mediolanie cenne minuty na boisku, ale z czasem również i tam coraz częściej wchodził do gry jedynie z ławki. Po zaledwie pół roku przeniósł się do Stoke City.
W ostatnim wywiadzie dla „Basler Zeintung” zawodnik poruszył kilka tematów związanych ze swoją karierą i między innymi wypowiedział się o swoim pobycie w Interze. Piłkarz przyznaje, że nie było tak źle, jak twierdziły media, ale zaznacza, że organizacja w klubie pozostawiała wiele do życzenia.
- Czy żałuję transferu do Interu? Wiele osób sądzi, że nic tam nie poszło po mojej myśli, ale to niezupełnie prawda. Byłem blisko rodziny, która została w Szwajcarii, co jest dla mnie bardzo ważne. Włoski futbol nie był wtedy jednak na najwyższym poziomie - stwierdził Shaqiri.
- Nie miałem tam zbyt wielu problemów. Dlaczego więc odszedłem? Potrzebowałem czegoś nowego. W tamtym czasie przez Inter przewijało się wielu zawodników. Gdy przyjechałem na letnie zgrupowanie w 2015 roku, na treningu pojawiło się 50 piłkarzy. Wielu z nich po prostu wróciło z wypożyczeń i czekali na kolejne. Od tamtej pory wiedziałem, że panuje tam straszny bałagan.
Shaqiri wystąpił w barwach „Nerazzurrich” 19 razy. W tym czasie zdobył trzy bramki, a także zaliczył dwie asysty.