24-letniego napastnika wiązało się z odejściem z Atlético Nacional, jednak klubu szukano mu przede wszystkim w Europie lub Chinach, także ze względu na koszty transferu. Ostatecznie zawodnik wybrał brazylijskie Palmeiras, które musiało sięgnąć głębiej do portfela, płacąc najlepszemu klubowi Ameryki Południowej ponad 10 milionów euro.
Tym samym Palmeiras zdecydowanie pobiło swój rekord transferowy, bowiem dotychczas najwięcej wydało w 2012 roku na Wesleya, gdy ten wracał do ojczyzny z Werderu Brema, i w 2010 roku na Jorge Valdivię, gdy Chilijczyk przyszedł z Al Ain. Obaj kosztowali po około sześć milionów euro.
Borja, mimo stosunkowo młodego wieku, ma już za sobą bardzo bujną karierę. Bardzo szybko wszedł do seniorskiej piłki, a już w 2014 roku zmienił ojczyznę na włoskie Livorno. Tam sobie jednak nie poradził, nie strzelając choćby jednej bramki w Serie A, i po krótkim wypożyczeniu do argentyńskiego Olimpo wrócił do ojczyzny, najpierw czasowo do Independiente i potem definitywnie do Cortului, w której występował już wcześniej w latach 2012-2013. Latem 2016 roku nabył go lokalny potentat Atlético Nacional.
Co ciekawe, Borja debiutował tam w najważniejszych meczach sezonu – w pierwszym przeciwko São Paulo w półfinale Copa Libertadores strzelił dwie bramki; w rewanżu powtórzył wyczyn; z kolei w finałowym dwumeczu z ekwadorskim Independiente del Valle zdobył gola decydującego o końcowym triumfie.