Coyle rozpoczął swoją karierę trenerską w 2003 roku, kiedy to objął szkockie Falkirk. Z tym klubem zdołał wywalczyć awans do Scottish Premier League. Dwa lata później został trenerem St Johnstone.
W 2007 roku trafił do Burnley, z którym osiągnął historyczny wynik, awansując do Premier League po wygranych play-offach z Sheffield United. Po trzech latach na Turf Moor, 46-latek został trenerem Boltonu. Na Reebok Stadium dwukrotnie był wybierany Menadżerem Miesiąca, a swoją przygodę z tym klubem zakończył w październiku 2012 roku po 126 meczach.