Valverde swoją profesjonalną karierę trenerską rozpoczął w Athleticu Bilbao w sezonie 2003/04, kwalifikując się z Baskami do Pucharu UEFA i docierając do półfinału Copa del Rey. Następnym sukcesem tego trenera był awans z Espanyolem w sezonie 2006/07 do finału Pucharu UEFA, gdzie Katalończycy przegrali z Sevillą po rzutach karnych.
Jako trener Olympiakosu, który prowadził dwukrotnie - w latach 2008-2009 oraz 2010-2012, zdobył Puchar Ligi Greckiej w sezonie 2008/09, następnie w rozgrywkach 2010/11 zwyciężył w lidze greckiej, w kolejnym sezonie zdobywając dublet.
Valverde zostanie oficjalnie zaprezentowany jako nowy trener Valencii w poniedziałek, 3 grudnia, o 20:45 w sali Antonio Puchadesa.
Oficjalnie: Valverde nowym trenerem Valencii
Valencia CF osiągnęła porozumienie z Ernesto Valverde, który został nowym trenerem pierwszego zespołu, podpisując kontrakt ważny do 30 czerwca 2013 roku.