45-latek rozpoczynał swoją karierę trenerską w rezerwach Borussii Dortmund w 2011 roku. Niemiec uczył się fachu od Jürgena Kloppa, ale starał się przy tym doradzać obecnemu menedżerowi Liverpoolu w sprawie transferów, w szczególności młodych zawodników. Wagner twierdzi, że gdyby dwukrotny mistrz Niemiec z BVB go wysłuchał, „Die Borussen” sprowadziliby utalentowanego Leroya Sané.
- Sané? Znałem go już wcześniej. Był wyjątkowy zważywszy na jego wiek, a częścią moich obowiązków było zwracanie Jürgenowi uwagi na wyróżniające się niemieckie talenty. Powiedziałem, że mógłby grać nawet dla pierwszej drużyny Borussii, ale ostatecznie trafił do Schalke - stwierdził Wagner.
Talent skrzydłowego na dobre wybuchł w sezonie 2015-2016, kiedy rozegrał w barwach Schalke 42 spotkania i zdobył dziewięć bramek. Dobra forma zaowocowała transferem do Manchesteru City za niecałe 40 milionów funtów.