Szwajcar występuje na Volkswagen Arena już od ośmiu lat. Golkiper trafił do Niemiec z portugalskiego Nacionalu za około 1,5 miliona euro. W sumie od tego czasu rozegrał dla "Wilków" 245 ligowych spotkań. Zdobył przy tym po razie mistrzostwo, Puchar i Superpuchar Niemiec.
Na starcie nowych rozgrywek Wolfsburg poinformował, że ich doświadczony bramkarz zdecydował się związać z klubem nową umową. W jej myśl Benaglio będzie reprezentować barwy zespołu prowadzonego przez Dietera Heckinga do 2019 roku.
32-latek jest wychowankiem Grasshopper. Na początku swojej dorosłej kariery przez trzy lata był graczem Stuttgartu, ale wówczas nie udało mu się zadebiutować w Bundeslidze. W reprezentacji Szwajcarii ma na swoim koncie 61 występów.